Po Valdštejnově smrti bylo Jičínsko drancováno švédskými, ale i císařskými vojsky. Válka představovala třicetileté utrpení a po jejím skončení zůstala  zničená země s pouhým půl milionem zuboženého obyvatelstva.

Jen na Jičínsku bylo na desítky vypálených vsí a v některých se už život neobnovil a zanikly docela. Spolu s koncem války se rozplynuly i poslední naděje protestantských emigrantů na návrat do vlasti. Čechy byly násilně pokatoličtěny.

S Jičínskem tohoto období je spjata známá osobnost Bohuslav Balbín.

Rekatolizační úsilí vyvíjeli jičínští jezuité. Jejich školství představovalo pokrokové metody vyučování a v jičínské koleji působila vedle Balbína řada výjimečných osobností.

17. a 18. století je dobou utužování nevolnictví. Jičínské panství získala cizí šlechta např. Tiefenbachové, později Trauttsmanndorfové. Na konci 17. století a během 18. století - v období barokního slohu - vzniká v okolí mnoho zámeckých sídel ( zámky Humprecht, Milíčeves, Jičíněves, Vokšice aj.), členitá krajina získává novou tvářnost. Na vrcholech kopců jsou stavěny barokní kostely a kaple.

Za vlády Marie Terezie a Josefa II.dochází k poněmčování obyvatelstva. Na druhé straně však jejich vláda přinesla řadu reforem: školskou reformu, zrušení nevolnictví a toleranční patent, zaručující svobodu náboženského vyznání.

Typickým platidlem této doby byl i drobný peníz - grešle. Úsloví “stát za zlámanou grešli” se používá dodnes.

Mimořádný byl význam zemědělské výroby v tehdejší době, zajímavé tkalcovské nástroje připomínají rozvoj domácího tkalcovství a textilní výroby, která v životě Jičínska zaujímala důležité místo.

V době napoleonských válek (roku 1813) pobýval na jičínském zámku rakouský císař František I. Místnost, ve které vedl politická jednání, naleznete v jiné části našeho muzea. 

Revoluční rok 1848 je významným okamžikem stále sílícího hnutí za změnu politických poměrů. Byla zrušena robota a poddanství. Završuje se jím Národní obrození.